为配合北京市药品监督管理局履行保健食品和化妆品行政审批及监督执法职责，北京市药品检验所2005年起就逐步开展了保健食品化妆品检验的筹备工作并成立了保化室。2008年以来，随着保健食品化妆品监管职能进一步向食品药品监管部门集中，国家对保健食品化妆品的监管力度不断强化，先后出台了一系列加强保健食品化妆品检验检测体系建设的政策和指导意见,北京市政府也陆续向北京市药品检验所投入了大笔资金用于购置检验仪器设备，大大加速了北京市药品检验所保健食品化妆品检验体系建设的步伐。近三年来，北京市药品检验所通过承担国家保健食品化妆品安全风险监测工作，建立了重金属、农药残留、抗生素残留、违法添加化学药物检测等多个检测技术平台，锻炼了一支专业化的检验人才队伍，相关检验能力不断提升。2011年2月，北京市药品检验所成为国家首批认定的化妆品行政许可检验机构，同年8月，被北京市药品监督管理局批准为国产非特殊用途化妆品备案检验机构，2012年9月，再次在全国率先通过了国家食品药品监督管理局保健食品注册检验机构遴选的现场核查。

　　2012年9月，北京市机构编制委员会办公室正式批准北京市药品检验所加挂北京市保健食品化妆品检验中心牌子，明确了“承担保健食品、化妆品的许可检验、监督检验、评价检验和安全风险监测检验工作；开展相关检验检测技术研究，开展相关培训、技术指导和技术服务”的职能，并核增16名编制。10月29日，国家食品药品监督管理局边振甲副局长和北京市人民政府马林副秘书长为北京市保健食品化妆品检验中心揭牌，中心的成立，标志着北京市保健食品化妆品检验体系建设掀开了新的历史篇章，将有力地促进北京市保健食品化妆品检验检测水平的提升，更好地服务于保健食品化妆品监管，同时也将为推动北京市相关产业的健康发展，促进产业转型升级提供更加有力的技术保障。